Por Gabriela El equipo resurgió en 1981 con el nombre de Gallos Blancos de UAQ y se mantuvo en camiseta de futbol la segunda división. En 1954, el equipo recibió el mote de «Gallos Blancos», a proposición del Lic. Luego de este permaneció licenciado en las secuelas del videojuego ’16, ’17, ’18, ’19 y ’20. El «Jefe» Boy hizo un buen trabajo al superar en la pelea por el no descenso a las Cobras de Ciudad Juárez; sin embargo, Tomás no pudo repetir los buenos resultados a la campaña siguiente, pese a que en el equipo se quedó el goleador Felipe del Ángel Malibrán, y llegaron refuerzos como el uruguayo Santiago Ostolaza, así como los delanteros Marco Antonio Ruiz y Eduardo de la Torre, ex del Guadalajara. En el año de 1999 se dio la unión de Gallos de la UAQ con el Querétaro FC en Santiago de Querétaro, tomando el apodo de «Gallos Blancos» y el nombre original del Querétaro FC. El 13 de febrero de 1985, los Gallos Blancos de la UAQ juegan su primer partido en el Estadio Corregidora.
El debut en primera división ocurrió el 29 de septiembre de 1990 con una derrota por 2-1 ante el Puebla Fútbol Club en el Estadio Cuauhtémoc; el autor del primer gol del equipo en el máximo circuito fue José de Jesús Mendizábal, quien marcó al minuto 12 del duelo contra los Camoteros. El 17 de septiembre fue su debut por competencia internacional de la Liga de Campeones de la UEFA, jugando treinta minutos en la caída de su equipo de local 1-4 contra el París Saint-Germain. Su debut lo hace el 30 de enero de 2011, en la derrota del Real Madrid 1-0 frente al Osasuna, convirtiéndose en el primer togolés en jugar en el primer equipo blanco. En el torneo Clausura 2007, perdió la categoría tras la derrota en el último partido de la liga contra el Atlas y la victoria del Santos Laguna, su más próximo rival en el descenso, sobre el Cruz Azul quedando los cocientes de 1.0808 de Querétaro contra 1.147 de Santos. En el torneo Apertura 2008 salió campeón venciendo al Club Irapuato por un global de 2-0, con esto ganó el derecho a jugar la final de ascenso hacia la Primera División Nacional en contra del Mérida, campeón del torneo Clausura 2009. El 30 de mayo de 2009 se convierte en campeón de ascenso, tras derrotar en penales 7-6, a los Venados, lo que le dio el pase de nueva cuenta a la Primera División del fútbol mexicano.
El equipo navegó entre la Segunda y Tercera División, y en la temporada 1976-1977, después de un gran torneo, perdieron la final de ascenso por marcador global de 3-6 ante el Club de Fútbol Atlante el 5 de junio de 1977. Al terminar el partido se desató una batalla campal originada por las burlas atlantistas. Cuando parecía que el equipo desaparecería, el empresario Juan Antonio Hernández trasladó a los Leones de Morelos (anteriormente Zacatepec) para jugar como Querétaro en la Primera A. El equipo fue un protagonista al punto de conquistar el primer título en la historia de la franquicia luego coronarse en el Clausura 2005 ante el Club León, aunque no pudo lograr el regreso al máximo circuito al perder la final por el ascenso ante el San Luis. El punto final a esta temporada fue cuando a Alan Pardew le sancionaron con 7 partidos y una multa de 100 mil libras tras una agresión al jugador del Hull City, David Meyler. En la temporada 1986-1987, el equipo quedó subcampeón de la Segunda División al perder ante Correcaminos de Tamaulipas en tres partidos. El equipo disputa sus partidos como local en el Estadio Corregidora, que cuenta con un aforo para 35 575 personas.
La primera victoria del Querétaro ocurrió el 7 de octubre al vencer por 3-1 al Club de Fútbol Monterrey en el Estadio Corregidora. El club en la junta de dueños anunció, a través de Decio de María, presidente de la FMF, que Jaguares dejaría de existir y se traspasaría a Querétaro, esto pese a las críticas recibidas tanto por la prensa como por los aficionados al fútbol, ya que por medio de dinero el equipo de Querétaro, pese a descender, se mantuvo en primera división. A estos jugadores se los conoce como jugadores de campo, para diferenciarlos del guardameta. A pesar de eso, los jugadores pueden ser transferibles a otros equipos (no disponible en PS2 y PSP). La siguiente es una lista de los equipos que disputan los campeonatos oficiales en sus respectivas categorías durante la Temporada 2023. De los 63 clubes afiliados a la AUF que compiten en la rama masculina, 43 son de Montevideo y solo 20 corresponden a localías de otros departamentos, lo cual representa un 68% de equipos capitalinos, ubicados además en las principales divisionales. Este, junto con otros miembros de la asociación, acordaron hacer un torneo de Primera Fuerza en la ciudad de Querétaro y el equipo que resultara ganador sería el equipo representante en la segunda división.
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