En España con 24 equipos participantes, Chile formó parte del Grupo B, junto con las selecciones de Argelia, Austria y Alemania Federal. En las eliminatorias a la Copa Mundial de Fútbol Alemania 2006, la selección de Colombia obtuvo el 6.º puesto con 25 puntos y no logró clasificarse al Mundial que se celebró en Alemania, Colombia quedó a 1 punto de Uruguay, que se clasificó al Repechaje del Mundial del 2006. A lo largo de las eliminatorias, Colombia jugó con 28 futbolistas y con 2 técnicos: Francisco Maturana y Reinaldo Rueda. Terminaría quedándose con el cuarto puesto entre los mejores seleccionados de cada confederación participante en el certamen, pero dejando en alto una buena imagen del fútbol para el país. En las eliminatorias a la Copa Mundial de Fútbol Sudáfrica 2010, la selección de Colombia obtuvo el 7.º puesto con 23 puntos y no logró clasificarse al Mundial que se celebró en Sudáfrica, Colombia quedaría a 1 punto de Uruguay, que se clasificó al Repechaje del Mundial del 2010. Los técnicos Jorge Luis Pinto y Eduardo Lara estuvieron a cargo de las eliminatorias.
El año 2004 pasó a formar parte de la Escuela de Fútbol de Cobreloa, filial Tocopilla. La segunda rama está compuesta por la gran mayoría de clubes del país (más de 3500 a lo largo y ancho del territorio nacional), que incluye al Torneo Federal A y al Torneo Regional Federal Amateur, representa, por su parte, la ruta de ascenso-descenso de categoría para los clubes indirectamente afiliados a la AFA a través de las ligas regionales, los que se nuclean en el Consejo Federal del Fútbol Argentino, órgano interno de la Asociación. En 2003, como campeones de la Copa América, a la Selección de Colombia le correspondió participar en la Copa FIFA confederaciones, la cual se disputó en 2003. El torneo comenzó el 18 de junio y concluyó el 29 de junio, por lo que el conjunto colombiano viajó hasta Francia para ocupar un cupo del grupo A formado por Francia, Nueva Zelanda y Japón y la escuadra nacional. Para las fechas 5 y 6 de la Eliminatoria, la selección obtuvo 2 victorias consecutivas ante Bolivia en La Paz y Ecuador (hasta ese momento líder de la Eliminatoria) en condición de local, que lo dejarían en puestos de clasificación directa al próximo Mundial.
Después de una muy mala campaña, llegó a la última fecha dependiendo de que el Stuttgart no le gane ni le empate al Hoffenheim de local, y ganar ante el RB Leipzig. A pesar de estos triunfos, en las últimas 4 jornadas Colombia entró en una racha sin triunfos, en la que empató 3 de sus últimos 4 juegos, uno de ellos ante Brasil de local en Barranquilla; perdería ante Paraguay en los últimos minutos también de local, lo que obligaba al equipo colombiano a sumar en la última fecha ante Perú en condición de visitante para no depender de los resultados de los otros partidos que se definían en simultáneo; finalmente, chelsea camisetas el combinado cafetero empató 1-1 en Lima y clasificó a su sexto mundial y segundo consecutivo después de Brasil 2014 en la cuarta posición con 27 unidades. En 2001, Colombia fue sede de la Copa América 2001, quedó encuadrada en el grupo A junto a Chile, Ecuador y Venezuela, terminó invicta con puntaje ideal ganándole a Venezuela por 2-0 con goles de Víctor Hugo Aristizábal y Freddy Grisales, 1-0 a ecuador con gol de Aristizábal y 2-0 a chile con goles de Aristizábal y Arriaga pasando a cuartos de final, en cuartos se enfrentó a Perú, Aristizábal rompió el marcador en el minuto 50 poniendo el 1:0, en el minuto 65 Hernández marcó el segundo tanto del partido y 3 minutos después Víctor Hugo Aristizábal marcó su segundo gol dejando como final un 3:0 a favor de Colombia.
En la Copa América Centenario terminó en el tercer lugar, esto tras vencer a Estados Unidos en el partido por el tercer puesto. Terminarían ocupando su segundo cuarto puesto en la historia de la Copa América. El 3 de junio de 2019, la selección jugó un amistoso con Panamá previo a la Copa América 2019 en el El Campín de Bogotá, ganando por 3-0. El 9 de junio visitó a Perú en Lima en su último juego preparatorio donde ganó 0-3. El 15 de junio, la selección debutó en la Copa América 2019 enfrentando a Argentina en donde venció por 0-2. El 19 de junio se enfrentó a Catar donde el juego estuvo muy parejo, pero al final ganó Colombia 1-0. La selección finalizó la fase de grupos el 23 de junio enfrentando a Paraguay al cual ganó Colombia por 1-0. Con este triunfo, Colombia se ubicó como líder del grupo B con 9 puntos. Nuevos jugadores aparecieron y otros se mantuvieron, a jugadores como Faryd Mondragón, Aquivaldo Mosquera, Luis Amaranto Perea, Mario Yepes se les dio continuidad; por otra parte, Aldo Leao Ramírez, Edwin Valencia, Juan Guillermo Cuadrado, Teófilo Gutiérrez, Carlos Bacca y los juveniles Juan Fernando Quintero y Luis Fernando Muriel fueron seleccionados para hacer parte de este proceso, logrando una combinación entre experiencia, juventud y revelación.
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