Se dividió el país en diez regiones; aunque inicialmente sólo en cuatro (Galicia, Norte, Cataluña y Centro) existían federaciones con campeonatos regionales en marcha. Se acordó, entre otras medidas, instituir los campeonatos organizados por las distintas federaciones regionales como una fase previa al Campeonato de España. En una situación similar a la que había pasado tres años antes, estos equipos organizaron su propio Campeonato de España en 1913, de forma paralela al que la Federación organizó ese año. En la asamblea celebrada en mayo de 1912, el Barcelona anunció su marcha de la Federación; le secundaron otros clubes barceloneses como el Sabadell, el Badalona, el España de Barcelona o el Internacional, así como tres clubes guipuzcoanos: Irún, Real Sociedad y Vasconia. Tras toda esta incertidumbre, se anuncia que la competición regresa la semana del 8 de junio, tres meses después de que se detuviese, después de que se controlase el número de contagios en España. Los días 1 y 2 de septiembre, tal y como estaba previsto, se lleva a cabo en el Real Aero Club de España la asamblea constitutiva de la nueva federación, siendo elegido como nombre «Real Federación Española de Football» y otorgando la presidencia de honor al rey Alfonso XIII.
El 15 de febrero de 1913, el rey Alfonso XIII aceptó la presidencia de honor de la UECF y le concedió el título de Real. Tanto la Federación Española de Clubs (FECF) como la Unión Española de Clubs (UECF), trataron de convertirse en los representantes del balompié español. El 29 de noviembre de 1912, los clubes disidentes fundaron la «Unión Española de Clubs de Football» (UECF) en San Sebastián. Ruiz Ferry acudió a finales de julio a San Sebastián para reunirse con los representantes de la RUECF y negociar con ellos un acuerdo definitivo. Asimismo, se nombró un comité directivo bajo la vicepresidencia de Ruiz Ferry, con autoridad para designar a su presidente efectivo, de conformidad con el presidente honorario. También a finales del mes de mayo, la FECF organizó una Asamblea y Juan Padrós renunció al cargo, siendo elegido presidente Ricardo Ruiz Ferry (periodista deportivo), con Adolfo Meléndez Cadalso y Antonio Bernabéu de Yeste, como vicepresidente y secretario respectivamente.
En el mes de julio, la RUECF envió una carta firmada por su secretario Julián Olave en la que invitaba a alcanzar un acuerdo de fusión entre ambas federaciones. En marzo se informaba de que el Comité permanente de la FIFA no aceptaba la inscripción de la FECF, aduciendo la bicefalía federativa existente en España, conminando a ambas federaciones a su fusión o a la creación de un comité interfederal similar al existente en Francia (Comité français interfédéral). En dicho acuerdo se aprobó el principio de fusión de ambas entidades y la constitución provisional de cuatro federaciones regionales (este, oeste, norte y centro), cuyos delegados asistirían el 1 de septiembre de 1913 a la sede del Real Aero Club de España, en Madrid, a la asamblea constitutiva de una nueva entidad, fusión de las dos anteriores. Otro de los temas debatidos en la asamblea constitutiva de la RFEF fueron las nuevas bases del Campeonato de España, para poner fin a las disputas que habían marcado las últimas ediciones del torneo.
Además, organizó un torneo amistoso entre noviembre de 1937 y abril de 1938 en el que participaron 39 conjuntos de Vizcaya con futbolistas mayores de quince y menores de diecinueve años. Además, el Stuttgart tuvo la primera oportunidad de ganar el doblete, ya que también alcanzó la final de la Copa de Alemania por primera vez desde su victoria, camiseta osasuna macron diez años antes. Uruguay sería sede de la primera edición de la Copa Mundial de Fútbol, que se celebraría en conjunto con el centésimo aniversario de la primera Constitución uruguaya. En 1915 se puso en marcha la Copa del Príncipe de Asturias de Fútbol, un campeonato de España de selecciones regionales. En 1914, el Campeonato de España-Copa de SM el Rey fue organizado por la RFEF por primera vez. Las discusiones para decidir la sede donde debía disputarse el Campeonato de España en 1913, acabaron provocando otro cisma en la FECF. Por otro lado, la FECF solicitó el título de Real el 29 de mayo de 1913, siéndole concedido al día siguiente. Cabe aclarar que, a nivel internacional, la FECF había estado afiliada desde su fundación a la UIAFA, pero a esas alturas dicho organismo había desaparecido, por lo que se hacía urgente y necesario ingresar en otra federación de carácter internacional.