Boca no pudo participar en el Clausura 2003 a causa de que la mitad de sus jugadoras estaban convocadas a la Selección Argentina para disputar la Copa Mundial Femenina de Fútbol de 2003 realizada en Estados Unidos, por esa razón el club decidió no presentarse al campeonato. Después de hacerse cargo de Irlanda, Charlton influyó en los cambios en la selección nacional que dieron como resultado su período más exitoso de su historia, clasificándose para dos Copas del Mundo y una Eurocopa. Gales también perdió por poco la clasificación para la Eurocopa 1984. Estaban a minutos de la clasificación cuando el gol de Ljubomir Radanović para Yugoslavia en el último partido del grupo 4 de clasificación, donde Bulgaria eliminó a Gales. En las semifinales (no había octavos de final ni cuartos de final) se cruzarían ante el poderoso Santos el partido terminó con derrota de las gladiadoras por 2 a 0 y ahí terminaría el sueño de la libertadores con el que al final terminaría siendo campeón de esa misma copa.
Ese día derrotó al equipo madrileño Agrupación Deportiva Ferroviaria por cinco goles a dos, proclamándose campeón de la Copa Presidente. El 12 de febrero de 1989, por aquel entonces el presidente de Boca Juniors, Antonio Alegre, se entera por medio de del Diario Popular, que la institución tendría un plantel de futbol femenino. Esta estrategia sirvió para que el presidente de La Rivera por aquel entonces armara un espacio para que fútbol femenino. Fue una estrategia de las dirigentes de la Asociación Argentina de Fútbol Femenino (AAFF), quien tenía a Nils Altuna como presidenta y a Lilian Fadel en el rol de vicepresidenta quienes se ocupaban de crear posibilidades para que las jugadoras se puedan desarrollar dentro de la disciplina. El 5 de diciembre de 2021, las Xeneizes se consagran por segunda vez campeonas en la era semi profesional, por el Campeonato Clausura 2021 o como se lo conoce también Campeonato Femenino YPF 2021 frente a la UAI de Urquiza.
En el 2021 «Las Gladiadoras» consiguen su primer título en la era profesional del fútbol argentino en el Torneo de Transición femenino 2020, convirtiéndose en la estrella número 24 en torneos locales. En medio de una crisis financiera y con una actualidad de escasos resultados deportivos, se abrió una ventana a la posibilidad de reorganizar al fútbol profesional carabobeño con aportes de la gobernación y varios entes públicos y privados que se vieron motivados a recuperar el fútbol profesional en el estado. El día 8 de agosto de 2019, después de 28 años el plantel femenino de futbol del Club Atlético Boca Juniors pasó a ser Profesional. Fue fundado en dicho barrio el 3 de abril de 1905. El equipo de fútbol femenino de Boca Juniors fue fundado en 1990, y desde el 27 de octubre de 1991 disputa la Primera División Femenina de Argentina. Fue fundada por Marino López Ruiz en diciembre de 1991 y fue vendida en el año 2000 a los actuales gerentes. Volverían a ganar el campeonato en el Apertura 2009 pero este iba a tener un plus diferente ya que gracias a este nuevo título Boca por primera vez en su historia jugaría la segunda edición de la Copa Libertadores Femenina del año 2010, convirtiéndose en el segundo equipo argentino en disputarla, después de San Lorenzo de Almagro en el año 2009. Boca integraría el Grupo 2 de la copa junto al Everton de Chile, la U.A.A.
También se inicia con la novedad de enfrentar su primer torneo internacional en la copa de Concacaf pero tiene un papel lamentable y es eliminado en las rondas previas por Olimpia 3-1, debido a estos compromisos de inicio de año pospone su juego contra Monterrey de la fecha 3 y adelantó su encuentro de la fecha 2 contra Necaxa empatando 1-1 con gol de Pablo Hernán Gómez, en el estadio de Jasso, Hidalgo debido al juego de veto que pagó el Hidalgo después del juego de cuartos contra Morelia. Así pues, el terreno de juego -con unas dimensiones de 107 x 70 m- se encuentra rodeado por cuatro tribunas, todas ellas con asientos y divididas en dos niveles (alto y bajo). Según la International Federation of Football History & Statistics (IFFHS) Las Gladiadoras es el mejor equipo de fútbol femenino de la Argentina, ocupando el puesto 24 del ranking mundial al menos hasta mayo de 2023. El equipo argentino que aparece después de las Boca Juniors es UAI Urquiza, a quien recién se lo encuentra en la posición 107. También figura River Plate en el 169 y San Lorenzo en el 170. Luego de la obtención del campeonato numero 29 para la institución, las xeneizes avanzaron hasta el puesto 18 con 237 puntos.
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