En su estreno en la Segunda División B, el Universidad vuelve a realizar una excelente campaña, proclamándose subcampeones de su grupo, camisetas de futbol replicas lo que les dio derecho a jugar la liguilla de ascenso contra conjuntos históricos del fútbol español: U.D. El 5 de septiembre de 1996, la Universidad de Las Palmas de Gran Canaria se inscribió en el Registro de Entidades Deportivas de Canarias, creando varias disciplinas deportivas. El 9 de noviembre se anunciaron los inscritos al Campeonato en las diversas categorías de la competición, en total 670 jugadores de 28 clubes. Caliu Gracienc. Constituida oficialmente en noviembre de 1996, tiene sus orígenes en la promoción de ascenso a Segunda B jugada en la temporada 1993-94 cuando unos cuantos jóvenes seguidores empezaron a desplazarse para animar al equipo. Estos problemas, además de la lejanía del recinto de juego respecto de los seguidores del equipo (el estadio estaba al otro extremo de la isla) y la inexperiencia del equipo en la categoría, fueron obstáculos que no pudo esquivar el equipo. Por esta razón, nada más alcanzar el ascenso, la directiva universitaria buscó la posibilidad de jugar en el Estadio Insular (único recinto de Las Palmas de Gran Canaria que reunía las condiciones para la práctica del fútbol profesional).
Una fecha en la que un modesto equipo con apenas seis años de existencia logró colocarse en la Liga de Fútbol Profesional con un brillante ascenso a Segunda División A, además en el mismo año en el que la U. D. Las Palmas retornaba a Primera División. Se incorporan al cuadro universitario los guardametas Moisés Trujillo y Juan Garrido Canales; Alberto Hernández, José Luis Padrón, Óscar Celada, Pedro Vega, Jon Bakero, Óscar Bruzón y Joaquín Béjar Martínez, más conocido como Quini, delantero goleador de 32 años procedente del C.D. El equipo celeste se reforzó con jugadores de alta calidad como el colombiano Marco Pérez, Carlos Ross, José Luis Silva, René Bugueño y la vuelta de préstamo de Juan Pablo Carrasco. Los jugadores comenzaron a lucir la siguiente indumentaria: camiseta, pantalón y medias azul marinas con ribetes amarillos en el costado, cuello de las camisetas y pantalones, así como en la vuelta de las medias.
Uniforme alternativo: Camiseta, pantalón y medias rojas. Al final de la temporada también se retira José León, y el guardameta Guillermo O’Shanahan y Lucas Pérez dejan el primer equipo para incorporarse al filial. El equipo se reforzó con Juan Román, Marcos Santana y Lucas Pérez (quien sería más adelante director general del Club). Tomó las riendas del club como presidente: Alfredo Morales. Toma las riendas de la dirección técnica el técnico tinerfeño David Amaral. La clave estuvo en la sólida defensa articulada por David Amaral que solo encajó 17 goles y en la rentabilidad de los goles anotados, solo 40 goles, menos que el decimotercero, el C.F. A David Amaral lo sustituyó Carlos Sánchez Aguiar. En la temporada 2015-16, comenzó con la contratación de José Luis Oltra como entrenador, y se produjeron la vuelta de jugadores relevantes como Xisco Jiménez y Carlos Caballero, la llegada de fichajes muy destacados, y la promoción del filial de otros como Florin Andone, el cual terminaría resultando muy determinante para el equipo. Se incorporan al equipo jugadores que serían carismáticos dentro del club como José Ojeda (el alma y eterno capitán del equipo que estaría nada menos que 13 temporadas en el equipo) y Jonathan Sesma.
Esta sería la última temporada como jugador de Francisco José Gómez Cáceres que siguió ocupando la vicepresidencia del club. Tras un pésimo arranque liguero -un punto en las cuatro primeras jornadas-, camiseta de futbol el equipo despegó con la llegada al banquillo de José Bordalás. Toledo que llegó al equipo en mayo de 2000. El Universidad finaliza campeón de su grupo y juega la liguilla de ascenso de categoría que también la gana. Este encuentro se adelantó al sábado y concluyó con la victoria del filial aragonés por 3 a 1. Este resultado proclamaba campeón de la liguilla al Universidad de Las Palmas pasara lo que pasara en los dos encuentros que le quedaban por disputar contra el histórico Hércules de Alicante. Lanzarote. Se había realizado otra excelente campaña: campeón del grupo canario de la Tercera División. El Universidad milita en Tercera División de la mano de ‘Mamé’ León, pero este no termina la temporada con el equipo y su lugar en la dirección técnica la toma un tándem formado por Benito Morales y José Florido. José Manuel ‘Mamé’ León continuó desempeñando las tareas de entrenador. Al finalizar la temporada, Julio Suárez se retiró de la práctica del fútbol pero quedó vinculado a la entidad como segundo entrenador y delegado.