En la jornada 37.ª del campeonato de liga, un gol postrero de Menudo en el Estadio Nuevo Mirador frente al Algeciras Club de Fútbol, chandals baratos futbol certificó la clasificación matemática para la promoción de ascenso a la Segunda División. Comienza la liga de forma satisfactoria, con seis victorias consecutivas (alguna de ellas frente a rivales de categoría y rivales por el ascenso como el Albacete Balompié), situándose líder de la competición y logrando el mejor arranque liguero de la historia del Cartagena en la categoría, superando las cuatro victorias de la temporada 2008/2009, cuando se consiguió el último ascenso a la Segunda División. Al llegar al parón invernal, y tras 17 jornadas disputadas (15 de ellas en ascenso), el FC Cartagena acabó el año 2009 en puestos de ascenso a Primera División tras su victoria por 1-2 en el estadio Ciutat de Valencia del Levante UD. Al término de la primera vuelta y tras empatar 0-0 en el estadio Carlos Belmonte del Albacete Balompié el conjunto cartagenero finalizó la misma en puestos de ascenso a Primera división, puesto que ostentó durante 18 jornadas. Al término de la primera vuelta el equipo marchaba 18.º clasificado, con tan sólo un punto de ventaja sobre los puestos de descenso.
Al comenzar la segunda vuelta el FC Cartagena sigue demostrando las buenas sensaciones de la primera vuelta venciendo a equipos como el Girona FC en casa por 4-1 o Rayo Vallecano a domicilio por 2-3. Finalizadas 28 jornadas, dos tercios de liga, el equipo se afianzó en posiciones de ascenso a Primera División, consiguiendo una importante victoria frente al Cádiz CF por 4-1. A falta de 10 jornadas para la finalización del campeonato (jornada 32.ª) el FC Cartagena se impuso al Real Murcia CF en el Estadio Municipal Cartagonova por 3-2, afianzándose en la segunda posición en solitario de la Segunda División. Para las estadísticas de todos los equipos que han participado en la LMB, véase Tabla Histórica de la Liga Mexicana de Béisbol. Ya en la vuelta, en tierras asturianas, se perdió 2-0, obligando al Cartagena a jugar un año más en Segunda B. Por otro lado, se confirmó que Mariano Sánchez, capitán del Cartagena, tras nueve temporadas vistiendo la equipación albinegra, colgaba las botas. Este hecho, sirvió para conseguir la segunda clasificación consecutiva para unos play off de ascenso, algo que no se lograba en el fútbol cartagenero desde las dos clasificaciones de las temporadas 1990/1991 y 1991/1992. En la ida del Play off de ascenso, disputado en Cartagonova, el Cartagena pierde 1-3 ante el Real Avilés, lo que complicaría sus opciones de superar la eliminatoria en la vuelta.
Esta pérdida de categoría, supuso el descenso de la plantilla más cara en las 18 temporadas del fútbol cartagenero en la Segunda División de España (15 con el Cartagena FC y las 3 del FC Cartagena). Tras 11 jornadas ostentaba el liderato de la Segunda División de España tras no haber perdido ningún partido, empatar 5 y haber ganado otros 6, protagonizando uno de los mejores arranques de la historia de la categoría desde que se disputa la Segunda División de 22 equipos. ↑ a b Consejo Superior de Deportes – Gobierno de España (ed.). ↑ «Ya es oficial: Rafael Dudamel renuncia como técnico de la Vinotinto». A finales de 1985 y ante la crisis económica de la FIFUSA y sus afiliados, en parte por la presión ejercida por la entidad matriz del fútbol (FIFA), diversos países, encabezados por Brasil, decidieron solicitar al entonces presidente de la FIFA João Havelange, así como a su secretario general Joseph Blatter, que esta organización incorporase el fútbol sala a la organización de la FIFA. El equipo caería eliminado, pero demostrando ser un equipo compacto ante la adversidad de un conjunto de la Primera División, a pesar de las dos goleadas sufridas (1-4 en la ida, adelantándose en el marcador y 3-0 en la vuelta, disputada en el Camp Nou).
El 29 de agosto de 2009, el equipo debutó en la Segunda División A del fútbol español, jugando en el Municipal de Montilivi del Girona FC y ganando por 0 a 1. El primer jugador en marcar en la nueva categoría fue Quique de Lucas. Además, realiza grandes eliminatorias en Copa, superando a CD Guadalajara, SD Huesca y CD Tudelano, para alcanzar los dieciseisavos de final, ronda en la que se enfrentará a un Primera División europeo. En la liga, el equipo finaliza la primera vuelta del campeonato en puestos de ascenso a la Segunda División con 38 puntos. Faltando tres jornadas para la finalización del campeonato, el equipo consiguió la clasificación matemática para las eliminatorias por el ascenso. Se confía la dirección del equipo a José Francisco Grao García conocido en el mundo del fútbol como «Pato». Tras las protestas de los aficionados tras la eliminación, Paco Gómez, decide apartarse de la presidencia del club, y elige al cartagenero Francisco de Paula Gutiérrez Linares como presidente ejecutivo del club, aunque continúa siendo el dueño del mismo. Vuelve a tocar el balón con las manos después de haberlo puesto en juego y sin que cualquier otro jugador lo haya tocado.