Al final del año sale del equipo Teófilo Gutiérrez (rumbo al Trabzonspor, club de fútbol turco, vendido como uno de los jugadores más caros en la historia del club) y se retira Dúmar Rueda, camiseta de fútbol siendo estas las principales bajas del equipo para el siguiente torneo. El equipo termina líder del grupo 2 con 13 puntos, 3 de ventaja sobre el escolta Gremio de Porto Alegre. Mientras, en Copa Colombia, Junior termina 2° del grupo A con 21 puntos (1 menos que el líder Atlético de la Sabana), clasificando a la segunda fase del torneo. También quedó eliminado en cuartos de final de la Copa Libertadores con Chivas de Guadalajara, torneo en que jugó 9 encuentros e hizo 6 goles, además de mencionar que en el último provocó una trifulca con el jugador Adolfo Bautista. Ya en el receso de verano de 1941, el club realizó una gira de preparación por México, donde disputó siete encuentros ante equipos locales, Botafogo de Brasil y el Combinado España-Asturias. El primer enfrentamiento oficial entre ambos equipos se concretó el 24 de agosto de 1913, en el torneo de Primera División, disputándose en la cancha de Racing y ganando River 2-1 con goles de Cándido García y Antonio Ameal Pereyra.

Posteriormente, gracias a los beneficios obtenidos en los años 1972 y 1973, el club consiguió reiniciar la construcción del recinto de Pedrero, que se inauguró por primera vez el 20 de abril de 1975 frente a Deportes Aviación. En la Copa Sudamericana Junior haría un buen papel llegando, por primera vez en su historia, hasta la final del torneo ante el Atlético Paranaense de Brasil. El cuadro visitante se coronó campeón por primera vez de este certamen, tras perderlo en 2012 contra Nacional, dándose a ser el Supercampeón de Colombia. En 1963, Colombia volvió a participar en el Campeonato Sudamericano, en el que había participado por última vez en la edición de 1957. Con la presentación de una formación reestructurada (solo la línea ofensiva era sustancialmente la misma) Colombia perdió el primer partido contra Argentina (2-4). La competencia terminó con cinco derrotas y un empate obtenido ante Perú el 24 de marzo (1-1), terminando en el último lugar en la clasificación.

Al final del campeonato salen el portero uruguayo Adrian Berbia, así como los delanteros Martín Arzuaga y Emerson Acuña. Junior así ganaba su sexto campeonato colombiano y clasifica a la Copa Libertadores. Sin embargo, Junior consigue el tercer cupo colombiano a la Copa Libertadores al ser el equipo que más puntos logró en el año (76) superando por dos puntos al Deportes Tolima. Como si le faltara algún condimento a una noche de Copa Sudamericana en la que Boca se jugará una parada de fuego ante Cruzeiro, boca juniors camiseta ahora se sumó el factor -extrafubtolístico- que el equipo de Diego Martínez estrenará una nueva camiseta titular que tiene varios detalles distintivos con respecto a la que venía utilizando. Jugó en Asociación Atlética Estudiantes de su ciudad, hasta 1997 donde pasó al Club Atlético Boca Juniors. En el año 1918 Sporting Club del Uruguay fue uno de los fundadores de la Confederación Atlética del Uruguay.

La Supercopa Sudamericana 1997 fue la décima y última edición del torneo de clubes de América del Sur organizado por la Confederación Sudamericana de Fútbol que reunía a todos los campeones de la Copa Libertadores de América. Es el club de los no denominados «cinco grandes» con mayor permanencia en la Primera División, la máxima categoría del fútbol argentino. Para la Copa Libertadores 2011 se contratan jugadores con nombre como Sebastián Viera (procedente del fútbol griego), John Viáfara, José Amaya, Sherman Cárdenas, Sergio Otálvaro y Juan David Valencia, además del reciente goleador de la Primera B, Luis Páez. Igual En los cuartos de final enfrenta a Boyacá Chicó en una polémica serie donde solo se jugaron 45 minutos en Tunja debido a la agresión a Alejandro Gallejo, un juez de línea que ya había tenido un antecedente en un partido entre Deportivo Pasto y Real Cartagena en el Torneo Finalización 2009 que perjudico al equipo nariñense y que en esa temporada descendió a la Categoría Primera B. El equipo ajedrezado Boyacá Chicó fue sancionado con la anulación del punto que conseguía hasta ese momento, siendo suficiente el empate 2-2 en Barranquilla (después de estar el partido 0-2 en contra de Junior) para lograr clasificar a las semifinales, donde enfrentará a Millonarios en una serie épica, en la cual Junior perdió 3-0 en Bogotá y remontó con el mismo marcador en Barranquilla, en un partido donde la afición se hizo sentir, camisetas de futbol definiendo la clasificación desde los penales.