Por Gabriela Sucedió en 1987. Un campeonato a tres vueltas con cuatro clasificados, para definir al monarca. Durante esta década se abrió un gran ciclo de éxitos para el club, en la cual logró ganar tres ligas y dos copas internacionales. Para disminuir los costos del club, la dirigencia decidió reducir los incentivos monetarios que se pagaban a los futbolistas del primer equipo, lo que provocó un fuerte rechazo por parte de estos y de algunos dirigentes. Con la marcha de José María Casas, presidente durante 14 años del club, se abrió un proceso de elecciones en las que venció Manuel Tejedor. El 6 de noviembre de 2013, al cumplirse el tercer aniversario del rescate, Correos Chile emitió una serie de seis sellos postales conmemorativos, que contenían la cápsula Fénix 2, los nombres de los 33 mineros, el papel con el mensaje «Estamos bien en el refugio los 33», el monumento «33 mineros de Atacama el milagro de la vida», la sonda perforadora T-130 y las 33 banderas que fueron instaladas en la mina San José. En el torneo de la temporada 1942-43 en febrero del 43, finalizó en primer lugar empatado en puntos con Tipografía Nacional y Guatemala FC por lo que tuvo que disputar una triangular contra estos equipos en el que salió triunfador, consiguiendo así su primer campeonato de liga.
Obtuvo el derecho a jugar la Copa Interamericana contra el Independiente de Avellaneda, disputando ambos partidos en el Estadio Mateo Flores en Guatemala. Ésta hizo que el estadio pudiera recibir 17.000 espectadores en lugar de los 8.500 que tenía anteriormente. Tardaron nueve años en recuperar el trono que perdieron. Dos años después lograba obtener su segundo título de Copa. Esta fase negativa dio inicio en 1977 y culminó en 1987. La época más difícil para los rojos del Municipal empezó en el torneo de liga 1980, donde en la octogonal por el título quedó hasta el fondo de la tabla. Guiance era poseedor del título de entrenador expedido por la Real Federación Española de Fútbol, al completar con éxito el correspondiente curso, algo insólito en la época. Con ello, y con la puesta en marcha también de Aragón Cultura, la cadena da salida a muchas retransmisiones que no tienen cabida en la emisión lineal e inicia una nueva era con el objetivo de fidelizar a otros segmentos y acercar el ente a una población más joven.
Ante la situación tan crítica, camisetas fútbol se dio paso a una nueva directiva en el conjunto escarlata. En la serie de penaltis Municipal se proclamó campeón ante 23 mil espectadores. El equipo debutó con un empate 1-1 ante el anfitrión Saprissa de Costa Rica. Este resultado y la combinación del marcador de 3 a 2 a favor de Saprissa contra Comunicaciones le dieron el título al equipo de Municipal por diferencia de goles. En el segundo encuentro el equipo rojo le ganó por goleada a Comunicaciones por marcador de cuatro goles a cero. Fútbol rojo y negro: Gana la copa de plata en la Copa Champiñón. Durante 1974 en el plano internacional el equipo conquista el Torneo Fraternidad Centroamericana y la Copa de Campeones de la Concacaf venciendo en la final a doble partido al Transvaal de Surinam, ganando ambos juegos por dos goles a uno. El tercer partido terminó con triunfo por dos goles a uno frente al Olimpia de Honduras. En el primer partido realizado en el Estadio Mario Camposeco en Quetzaltenango, el equipo Rojo se impuso por un gol a cero; en el partido de vuelta hubo empate a un gol.
En este decenio el conjunto rojo atravesó una crisis de títulos, la cual duró 11 años. El delantero de 18 años llega cedido de la AD Alcorcón al filial blanquivioleta, que se guarda una opción de compra| Real Valladolid CF». Fueron 11 años de penurias y sinsabores. Durante 9 años el equipo no consiguió ganar el torneo de liga. Esta fase negativa llegó a su fin en 1987 con la obtención de su novena liga de la mano de Miguel Ángel Brindisi. Miguel Ángel Brindisi, argentino, le dio su pergamino número 11, a base de orden y disciplina. Consiguiendo así su título número dieciséis bajo la dirección del entrenador argentino Horacio Cordero. En el campeonato liguero de 1963-64 se contrató al técnico argentino Luis Grill Prieto, que logró llevar al equipo a disputar la final contra Xelajú MC después de que estos dos equipos terminaran empatados en la cima de la tabla con 28 puntos. En el primer partido obtuvo la victoria el club argentino por un gol a cero, con anotación de Ricardo Bochini, en el segundo partido se impuso el equipo de Municipal, por el mismo marcador, con un gol de José Emilio Mitrovich, por lo que se jugaron tiempos extras y luego se llegó a la definición por penales que fue ganada por el equipo de Avellaneda por cuatro goles a dos.