La tradizione sportiva lagunare passa quindi in dote alla nuova Società Sportiva Calcio Venezia, fondata a parità di quote dai soggetti Gruppo Guaraldo e Poletti Group, con un residuo 5% avocato al gruppo Umana. A stagione terminata il Gruppo Guaraldo cede la propria quota di partecipazione ai fratelli Arrigo e Ugo Poletti, che diventano quindi soci di maggioranza assoluta del Venezia: la presidenza passa quindi ad Arrigo Poletti, coadiuvato dal vice Ugo Poletti e dai consiglieri Andrea Girardi, Vincenzo Marinese e Andrea Seno (direttore sportivo). Un gruppo di tifosi, preoccupati per il futuro del club, decide contestualmente di fondare un’associazione denominata VeneziaUnited (proclamatasi supporters’ trust del club arancioneroverde), che alla luce dell’inattività societaria organizza e gestisce in proprio la campagna abbonamenti per la nuova stagione e apre un sito internet d’informazione suppletivo. Per la stagione 2016-2017 la Reggina, pur non avendone formale diritto, viene comunque ripescata in Lega Pro a completamento degli organici: la panchina viene affidata al tecnico boemo Karel Zeman, maglia portiere juve figlio di Zdeněk. In vista della stagione 2010-2011 il patron Enrico Rigoni si dichiara non disposto a supportare il club veneziano in categorie superiori alla Serie D, rinunciando pertanto ad inviare la domanda di ripescaggio in Lega Pro Seconda Divisione, giudicata troppo onerosa.

Si registrano al contempo variazioni nei quadri dirigenziali: il segretario Leandro Casagrande si dimette e passa al Treviso, mentre l’allenatore Favaretto viene esonerato e sostituito da Enrico Cunico, proveniente dal Montebelluna. Frattanto nel mese di marzo 2010 l’imprenditore Enrico Rigoni (padre del giocatore Simone Rigoni) rileva la totalità delle quote societarie e ne assume il controllo; inizialmente l’organigramma societario e sportivo tuttavia non variano e l’avv. L’inseguimento delle forze italotedesche in Libia dopo la battaglia di Alamein iniziata il 23 ottobre 1941 e durata dodici giorni si concluse a Tripoli il 23 gennaio dell’anno successivo. La Fiorentina scende in campo con una formazione dall’età media pari a 27 anni e 299 giorni e in questa Serie A, i viola solo in un’occasione hanno schierato un XI titolare dall’età media più alta: 28 anni e 117 giorni vs Juventus a marzo scorso. Variegati e contrastanti furono gli avvenimenti che caratterizzarono l’era Viola.

Ad aggravare la situazione intervengono le parallele vicende imprenditoriali dei fratelli Poletti, che acuiscono il dissesto finanziario del Venezia, non più in grado di pagare gli stipendi dei giocatori, né di assicurare una corretta gestione delle strutture d’allenamento, cumulando peraltro nel corso della stagione 4 punti di penalità. La guida tecnica della prima squadra viene affidata all’ex vice-allenatore e responsabile delle giovanili Paolo Favaretto, affiancato dal vice Nicola Marangon. Ripresentatosi al via della Serie C1 per il secondo anno consecutivo, il Venezia inizia il campionato con difficoltà, tanto che il nuovo allenatore Corradini (già vice di Deschamps alla Juventus) viene presto esonerato e sostituito dapprima da Paolo Favaretto ad interim e poi da Fulvio D’Adderio, reduce da una promozione in B sfiorata alla guida del Foggia. Nella stagione 2006-07 il Venezia torna pertanto nel campionato di Serie C1 e si propone quale squadra di vertice: dopo aver collezionato un buon numero di pareggi nelle prime giornate di campionato, il Venezia inizia infatti a ottenere vittorie in successione, mostrando in particolare un rendimento eccellente nel proprio stadio, ove la formazione arancioneroverde riesce a rimanere imbattuta in gare ufficiali da settembre 2005 ad aprile 2007. Ad interrompere questa striscia positiva è un 1-2 subito nell’aprile 2007 contro la Cremonese, unica squadra capace di vincere a Venezia in tale stagione.

Per la stagione 2000-01, il presidente Zamparini mise sotto contratto Cesare Prandelli nel ruolo di allenatore. Pizzigati mantiene la carica di presidente. Durante l’estate 2009, apparendo concreto il pericolo che Venezia rimanga senza una realtà calcistica cittadina, il sindaco in carica Massimo Cacciari si avvale delle norme federali inerenti al trasferimento della tradizione sportiva dei club calcistici e sovrintende personalmente alla fondazione di una nuova società, la cui gestione viene affidata all’avvocato Mauro Pizzigati, già presidente del Casinò di Venezia. Dato il ridotto lasso di tempo intercorso tra fondazione societaria, raduno dei giocatori e assortimento della rosa (in cui vengono confermate le «bandiere» Mattia Collauto e Massimo Lotti), la squadra si rivela inizialmente poco competitiva, subendo due sconfitte nelle prime due gare. Il direttore sportivo Andrea Seno, pur disponendo di risorse limitate, riesce a rinnovare la rosa: accanto alle conferme del portiere Giuseppe Aprea, del capitano Mattia Collauto e della bandiera Paolo Poggi (al suo ultimo anno di attività) vengono inseriti numerosi elementi giovani. Alla presidenza viene transitoriamente confermato l’avvocato Pizzigati in attesa di un auspicato intervento di nuovi imprenditori; nell’organigramma vengono inoltre confermati il direttore sportivo Andrea Seno e il segretario generale Leandro Casagrande.